在建工领域，很多工程项目都是政府投资或国有资本投资的，这类工程，到了结算阶段，必须报送财政部门审计，但政府财政部门所进行的审计，只是一种行政程序上的监督行为，相对而言，其在工程方面的专业性不足，有时候会与实际的工程造价相去甚远。
在完工后，乙方会根据自己的情况下向甲方报送结算，有时候甚至会达成结算一些，而之后，很可能政府部门又会另外出具审计结论，二者往往有很大差别。那么，在实践中，一个工程如果既有财政部门的审计结论，又有甲乙双方的结算协议，该以哪个作为工程款结算依据呢？
根据相关法律规定，只有甲乙双方在合同中明确约定了结算以审计结论作为依据的情况下，才能将审计结论作为解决工程款争议的依据。工程结算与财评审计是两个虽然有联系但却截然不同的概念。
工程结算是甲乙双方的民事法律行为，是作为平等主体之间对工程造价进行审查、核对的过程。而财评审计是国家对建设单位的一种行政监督，不影响甲乙双方之间的合同与协议效力。
因此，在合同没有明确约定的情况下，就算有审计结论，也应该以结算协议作为结算依据。
有时候，合同中也确实会有以审计结论为结算依据这样的约定，但审计结论往往不符合乙方的利益，那么，这种情况下，乙方要如何突破、推翻审计结论呢？一般来说，可以从以下几个方面考虑。
第一，在审计结论出具之前催促甲方进行结算。
前文提到，裁判审计与工程款结算属于不同性质的法律关系范畴，不管是否进行审计，均不影响双方已经形成的对于工程款结算的效力，故只要双方已经办理了结算，均应当以当事人的约定作为法院判决的依据。
第二，主张财评审计结论不真实、不合理
《中华人民共和国审计法实施条例（2010修订）》第五十三条规定：“除本条例第五十二条规定的可以提请裁决的审计决定外，被审计单位对审计机关作出的其他审计决定不服的，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。”
因此，就算双方在合同中有约定，但如果乙方可以证明审计部门对工程项目已无法就当时施工现场实际情况实施审计并出具正式竣工决算审计报告，审计结论不真实、不合理，则约定的根据审计部门审计结论确定工程价款的约定在事实上已无法履行，乙方可以提出鉴定申请。
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